Institut za nizijsko šumarstvo i životnu sredinu poseduje sledeće laboratorije:
- Laboratorija za ispitivanje kvaliteta semena
- Laboratorija za entomologiju
- Laboratorija za fitopatologiju
- Laboratorija za ispitivanje zemljišta
- Laboratorija za mikropropagaciju
- Laboratorija za molekularna istraživanja
- Laboratorija za dendrohronologiju i anatomiju drveta
- Laboratorija za fiziologiju i biohemiju